澎湖群島由將近一百個大小不同的島嶼所組成，總面積大約127 km2 (蔡及梁，2008)，擁有廣闊的潮間帶及珊瑚礁。澎湖周邊海域的海底地形多變，加上季風吹送流的作用下，產生之湧升現象帶來大量的營養鹽，因此擁有豐富且多樣的漁業生物資源。其中澎湖本島主要是由馬公市、湖西鄉、白沙鄉及西嶼鄉所組成，而澎湖內灣海域即是指位在本島中間之半封閉海域，其面積約為60 km2。內海與周邊海域深度變化明顯不同，內海水深大多在15 m以淺，由於位處內灣且深度較淺又受部分陸地遮掩，故受季風、海浪、海流之影響較小，形成海洋生物良好的生活與棲息場所，同時也是澎湖當地沿岸漁業及近海漁船活動頻繁之海域 (蔡及胡，1986、張等，1993)。過去對於澎湖周邊海域已有許多相關研究，舉凡魚類相、海洋環境、生態及資源量、物種組成等之調查研究皆已被多所著墨；相形之下，澎湖內灣海域的相關研究仍然相當缺乏，迄今僅在生物分類及資源量方面有少數的調查報告發表，至於探討澎湖內灣海域海洋生物群落結構與多樣性之季節變化，則幾乎完成闕如。本研究主要目的即在建立其相關基礎資料，以作為進一步研究或當地漁政主管機關執行或調整漁業管理政策之參考。