(一) 硫酸鹽
其實海水中硫酸鹽含量本來就很高，1 kg的海水含有約2,660 mg的硫酸鹽，所以在鹹水魚塭中，硫酸鹽高於800 mg是很正常的事。但當池中溶氧耗盡，許多厭氧反應發生，會在池底形成還原性產物和潛在有毒物質。氧化還原電位200到300 mV之間，NO3-會還原成NO2-，Mn+4會還原為Mn+2，氧化還原電位100到200 mV之間，NO2-還原為NH4+，氧化還原電位在50 mV時，Fe+3還原為Fe+2，氧化還原電位在-150到-200 mV之間，SO4-2還原為S-2 (H2S)。一般而言，池水中有溶氧存在時，會把硫化氫氧化為硫酸根，因此硫化氫基本上是不存在的，只有在缺氧狀況下才會生成。硫化氫濃度在1 ppm時，池魚會死亡；25℃環境下，硫化氫對文蛤之96小時的LC50為1.5 ppm，由此說明了文蛤對硫化氫的抵抗力頗強，這可能與文蛤長期在含有多量還原態硫化物之底泥環境中生活有關。另外由試驗觀察發現，當文蛤接觸水中溶解性硫化物後，會立刻將殼緊閉，且隨溶解性硫化物濃度之增高，其閉殼率愈高，在2－6小時之後，文蛤開殼率才又增加，且隨溶解性硫化物濃度之增高而愈早開殼，之後文蛤逐漸死亡。文蛤死後，蛤肉分解也會產生硫化氫，蛤肉重1.2 g的文蛤，在死後48小時及120小時所產生的溶解性硫化物分別為1 mg及14 mg，硫化氫為0.35 mg及2.07 mg。因此發現文蛤死亡時，最好將由池中移除，以免因蛤肉分解產生硫化氫，造成毒害。硫化氫對魚類有很強的毒性，其致死濃度範圍從0.4 mg/L (鮭鱒類) 到4 mg/L (歐洲鯽魚、丁鱖及鰻魚) 不等。當藍鰓太陽魚曝露在0.04 mg/L的H2S下，其游泳的耐受力降低；即使H2S的濃度非常低，亦會傷害魚卵、魚苗及幼魚；長期曝露在次致死劑量之H2S中的魚，會產生生長遲緩、死亡率增加及繁殖力下降的現象，且會影響魚苗孵化的時間及發生畸形。硫化氫中毒的魚，鰓變成紅紫色，甚至出血。硫化氫可以和魚類血液中的鐵結合，使血紅素減少，引起魚類的呼吸受阻，發生缺氧窒息而死。
(二) 酸鹼 (pH) 值
pH值是用來表示溶液中酸或鹼的強度，通常以1－14表示，7為中性，小於7為酸性，大於7為鹼性。由於pH的變化會因水溫、溶氧、化學物質及生物活動等情況而改變，故pH的測定可視為水質的總合反應，可藉以瞭解水質的穩定性。一般可用pH測定器直接測定。自然界未受污染的淡水pH是在6－9之間，海水pH則維持在8.1－8.3，且因為海水中含有相當多的鹽類可作為緩衝溶液，因此比較不易改變。但事實上養殖池的pH還是很容易改變，主要是因為養殖池中生物的密度或化學濃度都比自然界高出許多。水中pH之高低與池塘中藻類之數量有關，一般藻類繁殖愈多時pH值會升高，且日夜間pH值的變化較大。
(三) 池水pH值的變化
通常造成水域中pH值太低的原因可能有乾旱後下雨 (常為酸雨) 使池水之pH值陡降。水域中有機質過多，而發生酸化現象。而造成水域中pH值太高的原因可能是藻類濃度過高消耗池中的二氧化碳或水源不良而引起。
一般而言，水域中pH值太低時，顯示水域中有機質過多，使池底的氧化狀態明顯下降，而發生酸化現象，因此除了改善水質外，底質之情況亦要改善才能達到治本的功效。
(四) pH值對養殖物的影響
pH值與水生物活存、成長及繁殖有密切的關係。一般水生物之最適宜的pH略有不同，淡水魚在pH 6.5－8.0、海水魚在pH 7.5－8.5。大部分的水生物在pH值4以下或10以上的環境下會死亡，pH 4－5幾乎沒有繁殖能力，pH 5－6.5時生長緩慢。以文蛤為例，文蛤剛開始移入不同pH環境中，pH 5－8開殼率幾乎相同，均在95%以上，pH 4與9開殼率只有20%及25%，pH 3與10則緊閉雙殼。文蛤在pH 3的強酸環境中能忍受72小時，而在最後階段亦發現可正常開殼呼吸；相反的，pH 10環境中，18小時後全部死亡，這也顯示文蛤較能容忍酸性水質。適合魚類生長的酸鹼值為6.4－8.4，於酸性環境下，會造成鰓出血及高死亡率，這種狀況以酸雨的影響最大，而在鹼性環境下則易使氨的毒性增加。