魚類的主要免疫器官大致上可分為鰓、小腸、腎臟、胸腺及脾臟，其中又以腎臟、胸腺及脾臟對於魚類免疫最為重要。茲將頭腎及脾臟的功能簡述於下：
腎臟：頭腎有類似於淋巴結的結構，對於免疫反應的誘導及發展具重要的功能。頭腎的基質在非特異性免疫及損毀之細胞碎片的清除是其主要功能，頭腎也是魚類抗體的製造者。
脾臟：脾臟具有造血及保存紅血球的功能，可以分為紅髓和白髓。紅髓裡包括有吞噬細胞及淋巴細胞，在生物非特異性免疫提供第一道防線的保護。白髓裡充滿淋巴球，為脾臟製造白血球的部分，脾臟裡的黑色素巨噬細胞會聚集在血管附近，其功能為破壞老化的紅血球。