小眼花簾蛤通常棲息於風浪較小，水流通暢並有淡水注入之淺海潮間帶至潮下帶、沙泥灘或沙灘，利用其強而有力的斧足潛砂，棲息深度約殼長2倍，且會隨個體大小、季節和潮水變化而改變，春冬棲息較深，秋天棲息較淺。小眼花簾蛤的適溫範圍為5－35℃，以18－30℃最為適宜。生長的鹽度範圍在8－40 psu，最適成長鹽度為20－30 psu。可與文蛤混養，但須考慮採收及販售的便利性。目前人工繁殖技術已確立，俟相關養殖條件更加成熟後，即可進行技術轉移。