光合菌的種類很多，無法單就顏色或培養方式來判定。本所海水繁養殖研究中心所推廣的光合菌是純化後的Rhodovulum sulfidophium，接種至田間培養成為優勢菌種，雖為厭氧菌但仍須藉由微量打氣使細菌和營養鹽能均勻混合，培養時可加蓋以減少雜菌掉落，但須透光以維持光照，並且注意通風以免水溫過高。此外，市售菌種因種類不一，應採用其建議方法來培養和使用，以發揮其最大效力。