新水族箱症候群並不是指特定的魚類疾病，而是指飼養初期，因氨累積過量對魚類造成傷害的現象。起因為養殖初期水中微生物相 (異營性細菌與硝化性細菌等) 的生態平衡系統尚未建立，異營性細菌分解有機物的副產物－氨 (NH3) 在水中逐漸累積，而分解NH3的硝化性細菌雖然也開始作用，但因其增殖速率相當緩慢 (約24－36小時增殖1次，異營性細菌則每30分鐘增殖1次)，其代謝物氨也隨之增加，如此不出數日，新水族箱症候群開始發生，水中生物會出現呼吸急促、食慾減低、行為怪異、體色反常等症狀，再過數日，異營性細菌數量達最高峰，即發生死亡現象，尤其在飼養後7–10天為死亡高峰期，之後，硝化性細菌數量增加，氨的濃度逐漸降至安全範圍，此時新水族箱症候群也暫告終止。故新水族箱症候群有人又稱為「硝化菌不全症後群」。
防範與緊急處理方法如下：
1. 氣提：利用空氣幫浦加強打氣，使氨由水體散逸至空氣中，但效果不佳。
2. 利用活性碳或吸氨沸石吸附氨。
3. 添加生物製劑：使用硝化細菌或光合細菌等活菌製劑，增加硝化細菌數量。
4. 栽植水草，吸收銨 (氨) 氮作為肥料。
5. 定期或不定期換水，稀釋氨濃度，每次換水量不超過1/3。