文蛤陸續小量死亡的現象，因無實際的水質資料可供參考，只能推測原因。一般文蛤發生死亡，除特殊情況外，必定於數週或數日前即有徵兆。當發現文蛤自池底沙土中露出殼體，即表示文蛤有不適應的現象，應立即啟動水車增加溶氧，或立即排水並注入淡水，以降低鹽度，如未改善，則可使用底質改良劑，或持續注排水並維持最低鹽度。通常健康文蛤在水質良好、無病原感染或底質佳等狀況下，縱使氣候環境急劇改變，亦不會發生異常死亡。文蛤死亡情況可分為一般性及季節性兩種，一般性大多為管理不善所造成，如：藻色過濃、營養不良、不當投餌、底質、水質惡化；而季節性即為農曆3、6、9月季節交替時期之死亡現象，此時期文蛤極易受環境刺激而大量排精排卵，由於所排之精卵在池中無法順利受精發育而死亡，因而增加池中有機物的沉積，造成池底快速惡化，再加上季節變化的刺激，使得文蛤體質變差，極易造成死亡，可以灑石灰、沸石、添加光合細菌及活菌等方法改善底質來預防 (可上網參考〝良好農業規範－文蛤〞)。另可設置與應用池底砂層抽排水 (俗稱束井) 系統 (如圖) 來預防文蛤大量死亡。
束井的好處包括：(1)在危險期可直接抽排除底層多餘之營養鹽；(2)排換水時可取代海水水源，避免引用到受污染之海水；(3)方便底層水交換，避免文蛤受到氨亞硝酸、硫化氫之危害；(4)雨季時可以調配池水鹽度，避免引用受污染之海水；(5)整池時可排除砂層水，充分完成曬坪。
