本研究係於法定鰻線可捕捉季節分別在宜蘭、淡水、屏東、嘉義及澎湖等處之河口與沿岸海域採集鰻線，針對臺灣沿岸海域的1屬5種的鰻線進行種類的描繪與分類，並將各種鰻線的脊椎骨數目進行比較與色素分布特徵整理，再利用分子序列鑑定鰻魚種類。在各採樣地所採集樣本中，日本鰻鰻線的佔比在90% 以上；至於一般統稱為黑鰻的種類，以鱸鰻鰻線所佔比例較多，約佔所有黑鰻的60－90%；其次為太平洋雙色鰻，大致佔黑鰻的20－40%。有趣的是在淡水河口和嘉義海域所採集的黑鰻鰻線則僅有鱸鰻與太平洋雙色鰻2種，且嘉義海域所蒐集的黑鰻鰻線中，以鱸鰻鰻線為絕大多數，太平洋雙色鰻鰻線僅佔3.2%。澎湖海域黑鰻鰻線資源雖不如臺灣，但臺灣所記錄的4種黑鰻除了太平洋雙色鰻外，其餘3種均有紀錄，且仍以鱸鰻鰻線的量最多。
在分子生物鑑定方面，共定序802尾鰻線，黑鰻中以鱸鰻最多、太平洋雙色鰻次之，大致和肉眼及顯微鏡觀察的結果符合。而以傳統肉眼辨別之方式不易鑑定的樣本，由分析DNA序列顯示呂宋鰻與西里伯斯鰻所佔的比例低於捕獲總數之1%；換言之，在臺灣的溪流有呂宋鰻與西里伯斯鰻之族群，但被捕獲的機率很低，即使被捕獲也易被誤認為鱸鰻。