本試驗針對同一繁殖年度內 (2008年12月－2009年2月)，於臺灣地區北部、中部及南部3個不同河口採樣的日本鰻鰻線，以5個微衛星DNA基因座之等位基因分布情況，分析18組樣本之遺傳變異與遺傳結構 (genetic structure)。
結果顯示每個基因座在全部18組均有多型性現象，其中AJMS-2基因座的變異範圍最大，等位基因有16－25個，AJMS-3變異範圍最小，等位基因僅4－7個。不同組別在5個微衛星基因座所產生的平均等位基因數量差異不大，在13.0－16.0之間。期望異型合子比例 (He) 為0.581－0.944。
18組鰻線彼此間的遺傳分化指數 (fixation index, FST) 均相當低 (≦ 0.0089)，均無顯著性差異 (p > 0.0003)；而且整體之FST值為0.0006，亦無顯著性差異 (p = 0.418)，顯示其族群間之分化 (genetic differentiation) 程度非常低，為隨機交配 (panmixia) 之族群。