國內現有219個漁港，包含9處由中央主管機關管轄的一類漁港，以及210個由地方政府管轄的二類漁港。漁港隨著漁業人口衰退及漁港淤積嚴重面臨低度使用的窘境。漁業署統計自1995年起至2023年，國內已廢止21處漁港，漁業署於2019年起迄今盤點出低度使用的漁港計有73處，終止補助經費修繕這些漁港設施，並持續與地方政府及當地漁民溝通是否廢止所列低度使用的漁港，朝向減少設施不足的漁港、增加民眾親海空間與生態復育的目標前進。全國各縣市所列不予補助的港口又以澎湖縣35個最高，佔約48%。未來面臨低利用度漁港轉型或活化 (如藉由棲地復育增加漁業資源) 將扮演示範的角色。
本中心於2022年執行澎湖縣政府農漁局所委託「澎湖縣沿近海潮間帶 (潮下帶) 劣化棲地之復育調查及試驗」之計畫時，針對屬於低利用度漁港的虎井西側的「防坡堤兼碼頭」之泊地，進行棲地現況調查與海草復育評估可行性，將可供作活化低利用度漁港案例參考之用。