海藻的分類系統至今仍有許多爭議。隨著科技的進步，藻類分類學者們利用不同的生物技術，發現了更多微細的特徵，因而產生不同的分類觀點及結果。一般來說，分類階層越高，藻類分類的依據也越為模糊。由於藻類的構造簡單，使得海藻的分類地位一直遊走在植物界和原生生物界中。一般常見的海藻可以分為三個門，分別為綠藻門、褐藻門和紅藻門。分類的根據為藻體內的色素組成、光合作用的產物、細胞壁組成及生活史等特徵。綠藻門具有葉綠素b，光合產物以澱粉為主，細胞壁組成則以纖維素為主；褐藻門具有葉綠素c，光合產物以褐藻澱粉和甘露醇為主，細胞壁的構成則以纖維素和褐藻膠為主；紅藻門具有葉綠素d、藻藍素和藻紅素，光合產物以紅藻澱粉為主，細胞壁則具有纖維素、紅藻膠或石灰質三種結構形式。在這三個門中，又以高等紅藻最具利用價值，近來已有許多研究在探討其抗癌、抗氧化以及降低膽固醇等功能；它同時也是醫療工業和化學工業不可或缺的素材，因此其相關研究十分廣泛，如紅藻中海人草 (Digenea simplex) 和樹枝軟骨藻 (Chondria armata) 的萃取物具有驅蛔蟲卵的效果；從阿曼司石花菜 (Gelidium amansii) 提煉的藻膠更是工業原料以及製作果凍或藻膠電泳的重要原料；蜈蚣藻的多醣類經酵素水解後產生的乳酸發酵液，其所含的胜肽、有機酸與可溶性多酚類等物質可能是提供抗氧化能力的重要成分 (洪，2004)。台灣沿岸的紅藻種類繁多，除了頭髮菜和紫菜，〝蜈蚣藻〞也是老饕們口中的美食。