試驗船
◇水試一號試驗船 1994年首航，總噸位1948噸，主機馬力3600 HP，遠洋多用途漁業試驗船。水試一號試驗船配備完整的漁航儀器及研究設備，如水文聲納、科學魚探、漁網監控系統、全方位漁業聲納、都卜勒海流儀、溫深鹽探測儀、自動鹽度分析儀、海水水質分析儀。水試一號肩負長期執行臺灣周邊海域漁場環境監測，調查鰹鮪、日本鰻等重要漁業資源，並曾與國內外相關機構(FAO、NOAA、Woods Hole Oceanographic Institution、IFREMER、中央研究院、科技部、內政部、中央氣象局、臺灣大學、臺灣海洋大學等)合作調查，亦曾協助交通部空難調查及日本福島核災後調查西北太平洋海域遠洋漁獲物受輻射影響情形。
◇水試二號試驗船 2013年首航，總噸位345噸，主機馬力1319 HP，近海多用途漁業試驗船。水試二號試驗船配備新式科學儀器，如多波束魚探、溫深鹽儀及聲納等，協助研究人員掌握漁場環境及魚群探測。水試二號肩負執行沿近海漁業資源監測，調查多種魚類生殖期及產卵海域，漁場水文環境資料蒐集等，在新穎科學漁探協助下，研究人員能精確判讀魚群資源量及魚種，大幅提升沿近海漁業資源調查評估之效率。
◇海安號試驗船 1991年首航，總噸位42噸，主機馬力470 HP，沿近海多用途漁業試驗船。海安號試驗船配備新式科學儀器，如魚探機、溫深鹽儀等，協助研究人員在漁場環境監測及魚群探測上更能掌握。海安號進駐澎湖海洋生物研究中心期間，執行澎湖海域鰆魚、鰛鎖管、蝦蟹等漁業之漁撈試驗與資源調查及澎湖內灣與外圍海域水文觀測與浮游動物、仔稚魚調查，持續建立漁業資源及海域環境生態之調查資料，提供永續漁業政策擬定之參考依據。
水產生物種原庫
◇澎湖漁業生物研究中心水產生物種原庫 2006年啟用，位於澎南地區的青灣，為馬公市嵵裡紗帽山以西到風櫃間的天然海灣。灣內海底為珊瑚組成的珊瑚礁生態系與泥沙沉積環境所構成，有相當豐富的魚蝦貝類棲息其中。澎湖種原庫主要針對澎湖地區重要、特有、具經濟性及珍貴的水產生物，進行保種與育種工作；並建立水產種原生物資訊庫，持續蒐集水產種原生物重要繁、養殖與遺傳資訊，以利分子育種技術之發展；同時利用青灣與澎湖優良的天然海域環境，推動棲地保種研究。結合海洋生物多樣性的保育理念及水產養殖技術發展，希望能達到永續利用澎湖海域資源的目標，提昇社會福祉。
◇淡水養殖研究中心水產生物種原庫 2006年啟用，位於鹿港鎮，種原庫除進行水產生物活體的保存與遺傳育種研究外，更進一步利用分子生物技術，進行種原之鑑定與分析。希望透過選種、保種與育種工作，能保存並改良水產種原品系，提升水產品的品質、價值及國際競爭力，進而傳承本土水產文化，落實臺灣淡水生物的多樣性及其永續經營與利用。
◇東部漁業生物研究中心水產生物種原庫 2012年啟用，位於臺東市知本溪北岸，興建工程主要為「取水設施」、「水產生物種原保存及培育設施」及「溫控精緻農業設施」。種原庫除保育重要水產生物的資源，並進行多樣重要生物之保種、育種及利用等相關研究外，臺東區農業改良場也於本庫進行花卉及蔬果等相關研發。本庫採用水深57米之取水管，可終年維持24℃之水溫，運用在水產養殖上，不僅能穩定保存相關物種，也能開創新物種，降低對自然資源的利用性，落實生物多樣性及永續發展性。
基因改造水產生物田間隔離試驗設施
基因改造水產生物為我國目前水產生物技術產業之重要研發方向，尤其在觀賞水族基因改造技術上，我國獨步全球，目前已有多種品系的螢光魚開發成功，並且預計今後幾年將有更多種基因改造水產生物投入商業化生產。然而基因改造之水產品可能因意外或人為因素流入自然水域，為消弭這類產品的生物安全不確定性及潛在風險性，使其不影響自然生態環境及生物生存與健康，同時兼顧基因改造水產生物之產業發展，建構符合法規並達國際水準之隔離田間試驗設施，在農委會審核與許可下進行相關試驗及生物安全評估。
行政院農業部在基因改造水產動植物之安全管理的政策性制定方面，「漁業法」第六十九條第三項明定「水產動植物涉及基因轉殖者，應完成田間試驗及生物安全評估，始得推廣利用；其基因轉殖水產動植物田間試驗及繁、養殖管理規則，由中央主管機關定之。」，依據該規定，「基因轉殖水產動植物田間試驗管理規則」於民國98年4月3日發布施行，以落實基因改造水產動植物之推廣利用，並作為田間試驗管理及田間隔離試驗設施建置之依循。
本所於農業部及農業生物技術國家型辦公室計畫經費補助下，在所屬之海水養殖研究中心完成基因改造水產生物田間隔離試驗之核心設施，包含：淡水養殖館、海水養殖館、安全生物評估館，以及相關之實驗室設備、進排水處理設施、物理與生物性阻絕設施等。其中，淡水養殖館與海水養殖館已依循主管機關制訂之「基因轉殖水產動植物田間試驗管理規則」通過認可為田間隔離試驗機構，本所並同步建立了科學化的生物安全風險評估技術平台以及標準檢測技術，在基改水產生物風險評估之軟、硬體能力及設施都已俱全之利基上，將可直接助益於基改水產生物產業之健全發展。
