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黑潮漁業數位典藏台灣東部海域屬於活動大陸邊緣及海洋板塊交界處,海底地形陡峭特殊,多樣化且特殊的海洋環境與水文型式,豐富了台灣東部海域黑潮流系魚類的多樣性,不僅洄游性魚類資源豐足且礁岩性底棲性魚類種類亦繁多。黑潮形成的各種洄游性魚類的漁場,造就了台灣東部的海洋漁業,發展出多樣性的漁撈技術,育養了東部漁村無數世代的子民,帶動了地方經濟活絡,進而形塑了漁村組織與各式各樣的漁村習俗文化。水產試驗所東部海洋生物研究中心保存了各種東部黑潮流域各種漁具漁法的相關文獻、照片與影帶以及黑潮漁村文化的演變與繁榮過程,同時現有典藏東部海域魚類標本達2,000餘件。本計畫(經費來自數位典藏與數位學習-國家型計畫)針對台灣東部黑潮漁業文化進行數位典藏,預計完成:(1)黑潮流系魚類相及魚種基本解說之資料庫建置;(2)黑潮海域漁具漁法資料及日治時代總督府水產試驗場調查研究文獻數位化典藏;(3)黑潮漁業文化數位化展示等三大類工作,並將上述資料透過網際網路提供漁業推廣教育或加值服務等利用。

沿近海標本數位典藏水產試驗所自1929年成立後,對於台灣周圍海域的生態與水產生物資源的調查不遺餘力,也因此典藏了許多珍貴的水產生物標本。本計畫(經費來自數位典藏與數位學習-國家型計畫)以三年期間,將本所標本室長期累積的實體標本進行整理,並結合影像處理技術,建構成數位化的資料庫,以供研究、展示、教育與民生經濟用途。標本包括魚、貝、甲殼類。在魚類方面係由本所試驗船長期進行各種調查的漁獲物,並輔以魚市場調查蒐集的標本為主,少數來自日據時代遺留或漁民贈送的標本,範圍遍及台灣沿近海及澎湖、東沙、南沙太平島等海域,標本數達3,300件 以上。

水產生物圖說包含有:
1. 台灣常見的大陸水產品圖說
由81及82年度連續兩年調查的結果,共計採獲大陸走私水產品九十種,約一千隻標本,其中魚類六十八種、貝類十種、甲殼類七種、軟體動物五種。 
2. 總所水族館魚類
本所基隆總所水產研究大樓一樓大型環流水槽及小型分隔水槽之魚類。
3. 澎湖的蟹類
澎湖群島位於台灣海峽之中央,島嶼羅列,生態環境獨樹一格。棲地環境從潮間帶的珊瑚淺坪、礫灘、沙質海灘、泥灘地、紅樹林及潮池,到潮下帶以深的岩礁、珊瑚礁或沙質的海底,相當多樣性,棲息其間的蟹類物種也極為豐富。本單元共蒐羅22科143種蟹類,每種蟹類均詳列其同種異名、型態特徵、頭胸甲寬、性別、棲所、生態習性、採集或觀察地點與世界分布情形,除提供民眾與專家有關澎湖蟹類的相關資訊外,並促使其對澎湖海洋生物的多樣性有進一步的認識。
4. 南中國海魚類圖說(I)
依據七十四年度計畫實施調查南中國海所產之魚類六十種,係由本所海富號與海建號試驗船所採集者,其魚法為底立繩釣與浮流刺網等。本書各種魚類均附彩色圖片,並列舉中名、學名、科名、英名、俗名、形態、分布、生態、利用等。
5. 觀賞魚
介紹市售淡水觀賞魚種100餘種,涵蓋了12目、34科的魚種,包括有鯉形目、鯰形目、鱸形目、鱂形目、脂鯉目、合鰓魚目、多鰭魚目、刺魚目、骨舌魚目、電鰻目、銀漢魚目及鰩目等。均附有活體照,並介紹學名、中名、英名、學名、生態及地理分布等資訊。