| 高經濟石斑魚類育種及優質種苗生產技術研究 | 朱永桐、梁貴龍、張丁仁、林明男、葉信利 | 2006 |
| 單體牡蠣之育肥及貯藏技術研發 | 黃麗月、陳鴻議、葉信利 | 2006 |
| 開發翹嘴紅鮊之RAPD與AFLP核苷酸指紋鑑定技術 | 黃家富、黃德威、劉富光 | 2006 |
| 雄性吳郭魚苗之量產研究 | 陳榮華、張湧泉、劉富光 | 2006 |
| 違禁藥及水產藥物在水產品複合微量殘留篩檢技術之研究 | 郭錦朱、楊佳諺、許月娥、陳紫媖 | 2006 |
| 飼料離胺酸含量與銀鱸成長、肉質及代謝之關係 | 楊順德、林天生、劉富光 | 2006 |
| 澎湖海域重要水產生物種原之培育研究 | 黃丁士、許鐘鋼、城振誠、陳東本、陳其欽、涂嘉猷、蔡萬生 | 2006 |
| 優質九孔種貝之培育 | 施勝中、何源興、陳文義 | 2006 |
| 優質九孔種貝量產之研發與養殖技術之改進 | 許晉榮、劉君誠、吳承憬、林明男 | 2006 |
| 礁岩性觀賞魚類繁養殖開發 | 何源興、施勝中、陳文義 | 2006 |
| 膽鹼與卵磷脂對海鱺成長與脂質分布之影響 | 何碧月、周瑞良、鄭世榮、陳盈達、陳紫媖 | 2006 |
| 鮪魚種魚培育技術及生殖習性之研究 | 張賜玲、謝介士、張正芳、鄭明忠、陳紫媖 | 2006 |
| 鮪類幼魚釣獲運輸及箱網養殖技術之研發 | 翁進興、吳龍靜、吳春基、黃建智、陳秋月、陳守仁、張賜玲、周瑞良、何碧月、陳紫媖、冼宜樂、蔡萬生、何源興、陳文義 | 2006 |
| 翹嘴紅鮊之種原保存及育苗研究 | 黃德威、黃家富、劉富光 | 2006 |
| 懸浮二氧化鈦對海水中氨氮之去除效果探討 | 謝介士、葉瑾瑜、陳紫媖 | 2006 |
| 鱟之繁養殖試驗 | 黃丁士、陳其欽、陳東本、蔡萬生 | 2006 |
| SPF白蝦繁養殖技術之建立與優良品系之選育 | 鄭金華、劉冠甫、楊生山、楊明樺、洪崑龍、陳紫媖 | 2005 |
| 九十四年度種鰻放流 | 劉富光、林金榮、陳紫媖、黃家富、林天生、黃德威、董聰彥、陳冠如、白志年、張賜玲、周賢鏘、盧民益、黃瀛生 | 2005 |
| 九孔生殖週期調控研究 | 周賢鏘、蔡惠萍、黃美瑩 | 2005 |
| 九孔育苗用附著性矽藻之分離、生產與其餌料效益 | 蘇惠美、謝隆聲、王淑欣、張銀戀、黃俊翰、陳紫媖 | 2005 |