| 台灣東北海域浮游橈足類的季節性變動及其長期監測 | 李長縈 | 2004 |
| 台灣東部人工浮魚礁之規劃與設置 | 林俊辰、吳龍靜、翁進興、陳淑珍、謝勝雄、吳春基、陳秋月、潘惠婉、王敏昌、陳守仁 | 2004 |
| 台灣東部及西南部深海未利用資源之漁場調查及試驗研究 | 李定安、吳全橙、王敏昌、吳繼倫 | 2004 |
| 台灣南部草蝦養殖池底棲生物相及其變化 | 徐崇仁、黃美瑩、盧民益 | 2004 |
| 台灣重要養殖魚類粒線體DNA核苷酸序列資料庫之建立 | 簡春潭、賴竹蘭、陳玉姬 | 2004 |
| 台灣海域烏魚資源調查與監測 | 黃朝盛、潘惠婉、黃建智、林俊辰 | 2004 |
| 台灣養殖泰國蝦族群之遺傳變異度分析 | 鄭金華、黃重期、陳紫媖 | 2004 |
| 甲殼素及多醣體增進吳郭魚免疫能力之研究 | 黃世鈴、楊豐隆、劉富光 | 2004 |
| 白蝦種蝦配合飼料開發 | 林明男、曾寶順 | 2004 |
| 石斑魚飼料誘引物質研究 | 吳豐成、陳敏隆、陳麗靜、林明男 | 2004 |
| 光合成細菌應用於石斑魚類種苗生產之研究 | 丁雲源、葉信利、許晉榮、朱永桐 | 2004 |
| 多重衛星影像應用於東海海域颱風引發冷水渦之觀測與分析 | 曾振德、陳世欽 | 2004 |
| 何氏棘鲃的人工繁殖及生物學試驗 | 黃德威 | 2004 |
| 何氏棘鲃微衛星DNA專一性特定序列位點(STS)之建立 | 黃家富、劉富光 | 2004 |
| 利用18S rDNA基因序列鑑定綠球藻及擬球藻 | 蘇惠美、李俊輝、張銀戀、陳紫媖 | 2004 |
| 吳郭魚分子育種 | 鄭達智、曾福生、余俊欣 | 2004 |
| 吳郭魚育種及優質種苗生產技術之研究 | 張湧泉、陳榮華、劉富光 | 2004 |
| 吳郭魚育種雜交及成長比較 | 陳榮華、張湧泉、劉富光 | 2004 |
| 我國養殖水產品及種苗安全體系之建立 | 李武忠、林明男、林金榮 | 2004 |
| 抗緊迫九孔種苗之研發 | 林金榮、林式修、曾福生、潘泰安、朱惠真 | 2004 |