生物分類方法的研究發展，從傳統的形態構造，到數值分析與親緣關係架構，乃至基因相似度等，其目的在建立完善的鑑定系統及分類標準，幫助我們了解生物之間的異同。分類學家可藉由完善的系統鑑定及生物分類的標準來檢定各種生物之間的親緣關係，重建生物進化的脈絡。目前的生命科學研究，許多領域已深入到極為核心的遺傳分子層次，進行其本質規律的探討，例如將分子生物學與其他學科相結合，產生一系列新的分支學科，如分子遺傳學、分子細胞學和分子分類學等。為了提高種群分析的精準度，1950年代發展出以同工異構酶 (isozyme) 分析種群遺傳結構的方法，但此種分子生物技術有諸多限制因素，例如標本蛋白的新鮮度是影響分析結果正確性的關鍵因素，因此樣本的取得及保存便成為最主要的限制因子之一。近年來分子生物操作技術突飛猛進，例如聚合酶鏈鎖反應 (Polymerase Chain Recation, PCR) 技術，號稱可將百萬年的自然演化過程縮短至4小時內。這種在短時間內可大量擴增微量的核酸分子的技術，被廣泛的應用在考古領域，用以分析遠古生物的核苷酸序列，並和現存的生物進行比對，以瞭解其是否仍繼續演化及其演化趨勢。利用微量的樣本取材，大量擴增具差異性之遺傳分子，提供了另一種有效的生物分類及個體鑑別方法。本文即以粒線體DNA為對象，論述其在水產生物分類上的應用。