目前台灣有正式發表的牡蠣分類資料，主要來自中研院的「台灣貝類資料庫」。
但是由於牡蠣科的種類易受生長環境的影響而造成殼體變異甚大，因此在分類上相當困難。在早期，僅有巫文隆老師有做過較完整的紀錄，發表於「Wu WL 1980 The important edible bivalve in Taiwan. Bulletin of Malacology, ROC, 7: 101-114」。報告中提到牡蠣科有5屬18種，5屬分別為：Crassostrea, Saccostrea, Ostrea, Dendostrea, Lopha等。
近幾年，本所利用分子生物的方式 (DNA Barcoding) 鑑定台灣產的牡蠣物種，其中發現與早期分類文獻有許多出入。例如：台灣的養殖牡蠣一直被認為是太平洋牡蠣 (C. gigas)，但是利用DNA技術的方式證實在台灣產的應為葡萄牙牡蠣 (Crassostrea angulata)；另外，常見於海邊岩石上的岩蚵應為僧帽牡蠣 (Saccostrea cuccullata)，並非過去認知的黑齒牡蠣 (S. mordax)，而真正的S. mordax於本所調查中僅發現於澎湖及綠島；台灣產的Saccostrea屬至少有10種，而非過去研究資料的2種等。
但由於牡蠣的形態分類非常困難，甚至易有誤鑑，因此本所目前仍然持續進行台灣牡蠣物種的調查並搭配DNA技術，希望藉以釐清台灣產牡蠣的正確分類系統。