水產試驗所係唯一隸屬政府的漁業試驗研究與技術推廣機構，創立於1929年，前身為臺灣總督府水產試驗場，光復後歷經數次改組，1999年改隸行政院農業委員會迄今。目前總所位於基隆，除行政單位外，設有企劃資訊、海洋漁業、水產養殖及水產加工等四個組。另在全國各地設有淡水繁養殖研究中心、海水繁養殖研究中心、沿近海資源研究中心、東港生技研究中心、東部海洋生物研究中心及澎湖海洋生物研究中心等六個派出單位，擁有水試一號、水試二號及海安號等三艘試驗船，並分別在彰化鹿港、澎湖青灣與臺東知本建有水產生物種原庫以及於臺南七股興建了我國首座基因改造水產生物田間隔離試驗設施。
配置圖
- 目前水產試驗總所位於基隆。
- 淡水繁養殖研究中心位於竹北及鹿港。
- 海水繁養殖研究中心位於臺西及七股。
- 沿近海資源研究中心位於前鎮。
- 東港生技研究中心位於東港。
- 東部海洋生物研究中心位於成功及知本。
- 澎湖海洋生物研究中心位於馬公。
組織圖