| 基因轉殖水產生物田間隔離試驗設施建置 | 2005 | 漁業領域 | 葉信利 |
| 零排放水蝦類大量養殖系統之建立 | 2005 | 漁業領域 | 林明男 |
| 室內箱網自動化養蝦 | 2003 | 自動化領域 | 林明男 |
| 自動化養蝦系統的應用研究-白蝦優良品系大量培育 | 2003 | 自動化領域 | 林明男 |
| 貝類種苗生產自動化之研發--牡蠣初期浮游苗自動培育技術之研發 | 2003 | 自動化領域 | 丁雲源 |
| 養殖漁業生產與管理自動化研究 | 2003 | 自動化領域 | 丁雲源 |
| 蝦類生殖力研究-白蝦種蝦配合飼料的開發 | 2003 | 生物技術領域 | 林明男 |
| 促進九孔生長因子之研究 | 2003 | 生物技術領域 | 丁雲源 |
| 促進魚類免疫力和抗病力探討-石斑魚益生菌生物製劑之研發 | 2003 | 生物技術領域 | 丁雲源 |
| 水產養殖生物技術開發與研究(三) | 2003 | 生物技術領域 | 丁雲源 |