| 台灣東北部海域拖網漁業之管理研究 | 陳宗雄、黃四宇 | 2003 |
| 台灣東部黑潮表層流軸與衛星海面水溫影像之季節變動分析 | 曾振德、林志遠、陳世欽 | 2003 |
| 台灣海域鯔魚資源調查與監測 | 黃朝盛、謝勝雄、潘惠婉、林俊辰 | 2003 |
| 台灣產鯛科、正旗魚科及劍旗魚科魚類粒線體DNA核苷酸序列資料庫之建立 | 簡春潭、賴竹蘭 | 2003 |
| 鬼頭刀資源量之調查與評估 | 陳文義、陳哲明、張集昇、林忠仙 | 2003 |
| 澎湖海域鰛、鎖管漁業資源之研究 | 謝恆毅、冼宜樂、蔡萬生 | 2003 |
| 2002年台灣周邊海域衛星遙測海面水溫之分析 | 曾振德、林志遠、陳世欽 | 2002 |
| 小琉球地區石斑放流魚之移動及對海洋生態之影響調查 | 周瑞良、陳紫媖 | 2002 |
| 太平洋黑鮪產卵群的年齡與成長 | 吳繼倫、許建宗 | 2002 |
| 台灣東北部海域拖網漁業之監測與管理研究 | 黃四宇、陳春暉 | 2002 |
| 台灣東部及西南部深海未利用資源之漁場調查及試驗研究 | 李定安、吳世宏、吳全橙、王敏昌、林宏誠 | 2002 |
| 台灣沿近海浮游橈足類之分類、分布與黑潮關係之研究 | 李定安、石長泰、李長縈 | 2002 |
| 台灣週邊海域鮆科魚類仔稚魚(魩仔)資源評估管理研究 | 陳宗雄、陳春暉 | 2002 |
| 沿近海漁場造成之研究 | 吳龍靜、陳淑珍、謝勝雄、陳秋月、吳春基、陳守仁、曾莉芸、蘇偉成、林俊辰 | 2002 |
| 臺灣產鯖科魚類粒線體DNA核苷酸序列資料庫之建立 | 簡春潭、張宏文、賴竹蘭、陳春暉 | 2002 |
| 銀塔鐘螺標識方法之研究 | 林金榮、陳東本、蔡萬生 | 2002 |
| 澎湖人工魚礁與天然礁區漁場漁業生物資源之調查 | 蔡萬生、鐘金水、翁進興、黃文卿、林綉美、歐秋美 | 2002 |
| 衛星遙測及地理資訊系統應用於烏魚漁海況分析之研究 | 曾振德、陳世欽 | 2002 |
| 日本鰻微衛星DNA基因座之選殖 | 春潭‧賴竹蘭‧陳春暉 | 2001 |
| 以洋流特性探索菱鰭魷漁場 | 廖學耕‧李定安‧吳世宏‧康偉福 | 2001 |