| 花蓮縣海域中層人工浮魚礁漁場規劃 | 吳龍靜、翁進興、吳春基、黃建智、陳守仁、陳秋月、潘惠婉、張麗美、周慈慧 | 2007 |
| 南方澳鮪延繩釣漁船努力量的標準化 | 吳繼倫 | 2007 |
| 澎湖海域生物多樣性基礎研究調查 | 謝恆毅、冼宜樂、陳仁偉、蔡萬生 | 2007 |
| 衛星海洋水色影像及表層浮標資料應用於黑潮暖流時空動態分析 | 曾振德、劉姵妤、陳世欽 | 2007 |
| 以單位加入生產量模式初探太平洋黑鮪資源動態 | 吳繼倫、李祐竑、陳彥民 | 2006 |
| 台灣北部海域中小型拖網單位努力漁獲量之調查研究 | 秦韶生、黃士宗、黃四宇、康偉福、陳慶聲、陳玉姬 | 2006 |
| 台灣西南海域拖網漁業主要漁獲物之漁況生物特性調查研究 | 吳春基、陳守仁、陳羿惠、翁進興、陳秋月、潘惠婉、張麗美、黃建智、葉信明、蔡家聖、邵琬絜、吳宛潔、吳龍靜 | 2006 |
| 台灣周邊海域漁場環境監測 | 李祐竑、王敏昌、陳慶聲、陳彥民、王友慈、黃美瑩、簡煌彬、張玉真、楊珮芬、陳秋月、吳龍靜、翁進興、林富家、程怡心、劉燈城、蘇偉成 | 2006 |
| 台灣東北海域浮游橈足類的季節性變動 | 李長縈、洪慶宏、王敏昌 | 2006 |
| 台灣東北部海域鯖鰺仔稚魚分布之調查研究 | 李嘉林、王友慈、康偉福、曾振德、吳世宏 | 2006 |
| 台灣東部海域大陸斜坡未利用資源之調查及開發研究－台灣東北部櫻蝦漁場水文特性 | 王敏昌、李定安、吳全橙、吳繼倫、洪慶宏 | 2006 |
| 台灣東部海域鬼頭刀資源之調查與評估 | 陳文義、江偉全、林富家、陳郁凱 | 2006 |
| 台灣東部海域黑潮暖流區之衛星水色影像時空動態分析之研究 | 曾振德、劉姵妤、陳世欽 | 2006 |
| 台灣東部海域鰹魚及鮪類小型魚資源的調查與評估 | 陳文義、江偉全、林富家、陳郁凱 | 2006 |
| 台灣沿岸海域魚卵及仔稚魚資源調查及評估 | 王友慈、康偉福、黃美瑩、陳秋月 | 2006 |
| 台灣重要經濟蟹類粒線體DNA序列資料庫之建立 | 蕭聖代、賴竹蘭 | 2006 |
| 花蓮及台東海域漁場造成之研究-台東中層人工浮魚礁之設置與調查 | 吳龍靜、翁進興、吳春基、黃建智、陳守仁、陳秋月、潘惠婉、張麗美、周慈慧 | 2006 |
| 澎湖海域生物多樣性基礎研究調查 | 謝恆毅、冼宜樂、陳仁偉、蔡萬生 | 2006 |
| 澎湖章魚的資源量變化及其生物學之初步研究 | 城振誠、高伸郁、蔡萬生 | 2006 |
| 台灣北部海域中小型拖網單位努力漁獲量之調查研究 | 秦韶生、黃士宗、黃四宇、康偉福、李嘉林、陳慶聲、陳玉姬 | 2005 |