| 臺灣鬼頭刀族群辨識及資源研究 | 江偉全、林憲忠、茬家續、蔡富元、許紅虹、張景淳、周爰瑱、吳瑞賢、王勝平、魯謹萍 | 2017 |
| 澎湖附近海域康氏馬加鰆最小成熟體型及年齡調查 | 翁進興、吳龍靜、賴繼昌、楊清閔、黃星翰、陳秋月、何珈欣、余淑楓、藍揚麒 | 2017 |
| 澎湖經濟性蟹類資源調查評估與生物學研究 | 冼宜樂、鐘金水、林金榮 | 2017 |
| 鰻魚標識放流與洄游路徑之研究(III) | 周爰瑱、江偉全、吳瑞賢 | 2017 |
| 大頭白姑魚生殖特性調查 | 何珈欣、吳伊淑、蕭琍婷、陳羿惠、黃星翰、張麗美、陳秋月、黃建智、賴繼昌、吳龍靜 | 2016 |
| 宜蘭灣櫻花蝦漁業作業特性之調查 | 莊世昌、陳威克、蕭聖代 | 2016 |
| 紅星梭子蟹資源調查與生物學研究 | 冼宜樂、鐘金水、林金榮 | 2016 |
| 臺灣北部海域大棘大眼鯛資源之調查評估 | 吳允暉、劉康熙、陳人裕 | 2016 |
| 臺灣北部海域鎖管漁業資源之調查評估 | 張可揚、劉康熙、陳玉姬 | 2016 |
| 臺灣西南海域帶魚屬魚類之漁業資源及生態調查(II) | 賴繼昌、吳龍靜、翁進興、楊清閔、何珈欣、黃建智、黃星翰、周慈慧 | 2016 |
| 臺灣周邊海域漁場環境監測(II) | 陳郁凱、藍揚麒、王友慈、潘佳怡、蘇博堃 | 2016 |
| 臺灣東北海域真鰺之日成長模式估算 | 王友慈、潘佳怡、蕭聖代 | 2016 |
| 臺灣東部海域鬼頭刀族群移動與行為解析 | 江偉全、林憲忠、蔡富元、許紅虹、周爰瑱、吳瑞賢 | 2016 |
| 臺灣沿海場域漁業活動及環境調查與放流物種資料建立-花東、高屏及澎湖離島(II) | 吳龍靜 、余淑楓、吳伊淑、黃婉綺、蕭琍琍、陳秋月、傅奕翔、陳律祺、吳瑞賢3、江偉全、許紅虹、周爰瑱、何源興 | 2016 |
| 臺灣近海淺海狐鮫漁業資源評估調查 | 陳威克、金建邦、黃閔裕 | 2016 |
| 臺灣近海黃鰭鮪漁業資源評估研究 | 金建邦、黃閔裕、藍揚麒、陳庭安、陳威克、劉國強 | 2016 |
| 臺灣鮪旗魚類標識放流研究 | 江偉全、林憲忠、蔡富元、周爰瑱、吳瑞賢 | 2016 |
| 澎湖西南海域鰆魚之作業漁場及產卵場分布 | 翁進興、吳龍靜、賴繼昌、楊清閔、黃星翰、陳玟妤、陳秋月、何珈欣 | 2016 |
| 澎湖海域產豹鱠之遺傳歧異度研究及保種生物基因窄化評估應用 | 陳高松、蕭聖代、劉姵妤、陳柏瑋、謝恆毅、宋嘉軒、曾振德、陳佳香 | 2016 |
| 白腹鯖與花腹鯖的日成長模式估算 | 王友慈、潘佳怡、蕭聖代、吳繼倫 | 2015 |