| 臺灣近海鮪類資源之漁海況調查-黑鮪漁海況調查 | 劉國強、藍揚麒、金建邦、陳威克、謝佩君、潘佳怡、陳郁凱、吳繼倫 | 2013 |
| 臺灣海峽水溫鋒面分布及其對鎖管漁業影響之研究 | 曾振德、劉姵妤、李周陵 | 2013 |
| 臺灣產牡蠣物種多樣性調查與研究－臺灣產囊牡蠣屬親緣演化關係之研究 | 蕭聖代、莊世昌、黃閔裕、吳繼倫 | 2013 |
| 臺灣鮪旗魚類標識放流 | 陳文義、江偉全、洪曉敏、林憲忠、吳允暉、吳瑞賢、周爰瑱 | 2013 |
| 台灣北部海域底棲魚類資源之調查與管理－台灣產大眼鯛之系群遺傳結構 | 陳威克、莊世昌、吳全橙、蕭聖代、吳繼倫 | 2012 |
| 台灣北部海域劍尖槍鎖管資源指標及評估研究(IV) | 張可揚、王凱毅、陳瑞谷、陳人平、吳繼倫 | 2012 |
| 台灣西南海域拖網漁業資源時空變動與永續利用之研究－大眼鯛之漁況及生物特性研究 | 吳春基、賴繼昌、黃建智、陳羿惠、陳玟妤、陳秋月、翁進興、張麗美、吳龍靜 | 2012 |
| 台灣西南海域海洋水文環境與漁業資源漁場變動監測研究 | 賴繼昌、黃建智、洪銘昆、黃星翰、吳春基、翁進興、葉信明、吳龍靜 | 2012 |
| 台灣西南海域櫻花蝦漁業生態系研究 | 翁進興、黃建智、陳秋月、賴繼昌、葉信明、吳春基、楊清閔、吳龍靜 | 2012 |
| 台灣周邊海域漁場環境監測 | 陳郁凱、藍揚麒、王友慈、潘佳怡、陳均龍、蘇博堃、張伯瑋、張玉真、吳繼倫、劉燈城 | 2012 |
| 台灣東部海洋鋒面分析及其對魚群移動分布影響之研究 | 曾振德、劉姵妤、陳世欽 | 2012 |
| 台灣東部海域長腰鮪族群結構分析 | 吳瑞賢、江偉全、林憲忠、黃梓倫、許紅虹、呂雯娟、陳文義 | 2012 |
| 台灣東部海域黑皮旗魚移動行為與棲息深度研究 | 江偉全、洪曉敏、林憲忠、黃梓倫、吳瑞賢、陳文義 | 2012 |
| 台灣沿岸海域鰹類仔稚魚之時空分布(Ⅳ) | 王友慈、潘佳怡、陳人平、吳繼倫 | 2012 |
| 台灣近海鮪類資源之漁海況調查 | 劉國強、藍揚麒、謝佩君、陳瑞谷、陳郁凱、陳威克、潘佳怡、吳繼倫 | 2012 |
| 台灣產牡蠣物種多樣性調查與研究－利用微衛星基因座探討葡萄牙牡蠣系群結構 | 蕭聖代、莊世昌、黃閔裕、吳繼倫 | 2012 |
| 距岸3浬禁漁區內外海洋環境、生物多樣性及漁業生物資源調查 | 葉信明、陳秋月、吳龍靜 | 2012 |
| 經濟性珊瑚礁魚類族群遺傳結構調查與漁業資源管理研究 | 陳高松、蕭聖代、謝恆毅 | 2012 |
| 澎湖海域海草(床)生態調查及與漁業資源保育相關性研究(Ⅱ)－澎湖海草床魚類群聚組成及季節性變化 | 冼宜樂、鐘金水、林綉美、鄭靜怡、歐麗榛、黃文卿、蔡萬生 | 2012 |
| 台灣北部海域底棲魚類資源之調查與管理(III)－重要經濟種類及其分布 | 陳威克、吳全橙、莊世昌、陳玉姬、陳悅祥、吳繼倫 | 2011 |