| 黑潮流域產圓花鰹幼生初期成長之初步研究 | 王友慈、潘佳怡、吳繼倫 | 2014 |
| 臺灣北部海域劍尖槍鎖管漁海況變動 | 張可揚、王凱毅、陳玉姬、吳繼倫 | 2014 |
| 臺灣西南海域水溫與黃鰭鮪延繩釣漁獲變動之影響 | 翁進興、賴繼昌、楊清閔、黃星翰、陳玟妤、陳秋月、許明樹、何珈欣、葉信明、吳龍靜 | 2014 |
| 臺灣西南海域黑䱛生殖特性研究 | 吳春基、蕭琍婷、陳羿惠、黃建智、陳秋月、張麗美、黃星翰、何珈欣、賴繼昌、吳龍靜 | 2014 |
| 臺灣周邊海域春季水溫與鹽度之垂直分布 | 陳郁凱、陳均龍、藍揚麒、王友慈、潘佳怡、蘇博堃、張伯瑋 | 2014 |
| 臺灣東部海域鬼頭刀延繩釣釣具深度及漁獲體型相關性之研究 | 林憲忠、吳允暉、江偉全、吳瑞賢、周爰瑱、洪曉敏、許紅虹、何源興 | 2014 |
| 臺灣沿海海域柳葉鰻種類暨澎湖海域鰻苗資源調查 | 陳玟妤、吳龍靜、陳秋月、王友慈、冼宜樂、林金榮 | 2014 |
| 臺灣近海產太平洋黑鮪漁獲現況與漁場環境變動關係初探 | 藍揚麒、劉國強、陳威克、金建邦、吳繼倫 | 2014 |
| 橫紋鱠及豹鱠之群遺傳結構及生物學研究 | 陳高松、蕭聖代、張志堅、謝恆毅、吳瑞賢、劉姵妤、陳佳香、曾振德 | 2014 |
| 海草移植技術研究(I) | 冼宜樂、鐘金水、林綉美、鄭靜怡、歐麗榛、林金榮 | 2013 |
| 黑潮對經濟魚類幼生輸送之研究(I) | 王友慈、潘佳怡、吳繼倫 | 2013 |
| 經濟性珊瑚礁魚類族群遺傳結構調查－玳瑁石斑魚之族群現況分析 | 陳高松、蕭聖代、吳瑞賢、謝恆毅、陳佳香、曾振德 | 2013 |
| 臺灣北部海域劍尖槍鎖管資源監測與評估研究(I) | 張可揚、王凱毅、陳人平、陳玉姬、吳繼倫 | 2013 |
| 臺灣西南海域拖網漁業資源時空變動與永續利用之研究(II)魚類生物研究、浮游生物調查、科學魚探聲學反射特性解析 | 吳春基、賴繼昌、陳玟妤、黃星翰、黃建智、陳羿惠、何珈欣、陳秋月、張麗美、翁進興、楊清閔、吳龍靜 | 2013 |
| 臺灣西南海域海洋水文環境與漁業資源漁場變動監測研究 | 賴繼昌、黃建智、洪銘昆、黃星翰、吳春基、翁進興、葉信明、吳龍靜 | 2013 |
| 臺灣西南海域櫻花蝦漁業生態系研究 | 翁進興、黃建智、陳秋月、賴繼昌、葉信明、吳春基、楊清閔、吳龍靜 | 2013 |
| 臺灣周邊海域漁場環境監測(III) | 陳郁凱、陳均龍、藍揚麒、王友慈、潘佳怡、蘇博堃、張伯瑋、吳繼倫、劉燈城 | 2013 |
| 臺灣東北部海域底棲漁業資源之監測(I)－宜蘭灣底拖漁獲種類組成變動 | 張可揚、陳威克、莊世昌、吳全橙、王敏昌、吳繼倫 | 2013 |
| 臺灣東部海域海洋環境變動影響鬼頭刀移動與棲息深度之研究 | 陳文義、林憲忠、吳允暉、江偉全、洪曉敏、吳瑞賢、周爰瑱 | 2013 |
| 臺灣沿近海域海洋環境、浮游生物及底棲生物多樣性監測 | 葉信明、陳秋月 | 2013 |