| 台灣北部海域劍尖槍鎖管資源指標及評估研究 | 張可揚、王凱毅、陳瑞谷、陳人平、吳繼倫 | 2011 |
| 台灣西南海域中層人工浮魚礁區鰹鮪標識放流之研究 | 翁進興、賴繼昌、吳龍靜、陳秋月、謝泓諺、黃建智、吳春基、程嘉彥、葉信明 | 2011 |
| 台灣西南海域底棲魚類群聚生態調查及其在漁業管理之應用研究－台灣西南海域拖網漁獲大眼鯛、白帶魚、刺鯧之生殖生態調查研究 | 吳春基、賴繼昌、謝泓諺、黃建智、陳羿惠、陳秋月、翁進興、程嘉彥、張麗美、潘惠婉、吳龍靜 | 2011 |
| 台灣西南海域距岸3浬禁漁區底棲生物多樣性調查 | 葉信明、陳靜怡、蔣依依、陳秋月、吳龍靜 | 2011 |
| 台灣周邊海域漁場環境監測 | 陳郁凱、藍揚麒、王友慈、潘佳怡、陳人平、蘇博堃、張伯瑋、張玉真、吳繼倫、劉燈城 | 2011 |
| 台灣東部海域長腰鮪族群特徵研究 | 江偉全、陳信志、陳淑穎、許紅虹、吳瑞賢、黃梓倫、陳文義 | 2011 |
| 台灣東部海域魚類多樣性調查與研究 | 黃梓倫、吳瑞賢、江偉全、陳文義 | 2011 |
| 台灣東部海域旗魚標識放流研究 | 江偉全、洪曉敏、陳信志、黃梓倫、吳瑞賢、陳文義 | 2011 |
| 台灣沿岸海域鰹類仔稚魚之時空分布 | 王友慈、潘佳怡、陳人平、吳繼倫 | 2011 |
| 台灣近海黑鮪漁獲量與海況及漁具深度動態之關係 | 藍揚麒、劉國強、陳瑞谷、張可揚、陳郁凱、潘佳怡、吳繼倫 | 2011 |
| 台灣產牡蠣物種多樣性調查與研究(I)－台灣產牡蠣物種資料庫之建立 | 蕭聖代、莊世昌、黃閔裕、吳繼倫 | 2011 |
| 西北太平洋秋刀魚漁場環境調查分析 | 王友慈、吳繼倫、陳郁凱、王凱毅、莊世昌、蕭聖代 | 2011 |
| 澎湖青灣海域種原棲地生物多樣性復育研究 | 謝恆毅、歐俊龍、邱韻霖、趙仲昆 | 2011 |
| 澎湖海草的分類與分布之調查 | 冼宜樂、鐘金水、林綉美、黃文卿、鄭靜怡、歐麗榛、蔡萬生 | 2011 |
| 澎湖養殖漁業因應寒災渡冬海域選址調查之研究 | 謝恆毅、陳高松、冼宜樂、呂逸林 | 2011 |
| 衛星影像應用於西北太平洋秋刀魚漁場速報之研究 | 曾振德、劉姵妤、陳世欽 | 2011 |
| 台灣北部底棲魚類資源之調查與管理－7.5 cm 底拖網網目選擇性試驗 | 吳全橙、陳威克、莊世昌、吳繼倫、陳玉姬、陳悅祥 | 2010 |
| 台灣北部海域劍尖槍鎖管資源調查評估研究(II) | 張可揚、王凱毅、陳人平、陳瑞谷、吳繼倫 | 2010 |
| 台灣西南海域中層人工浮魚礁區鰹鮪標識放流之研究 | 翁進興、賴繼昌、黃建智、吳龍靜、謝泓諺、陳秋月、吳春基、程嘉彥、葉信明 | 2010 |
| 台灣西南海域蛇鯔屬魚類的產卵洄游 | 葉信明、吳春基、陳羿惠、吳龍靜、謝泓諺 | 2010 |