| 台灣周邊海域刺鯧之洄游生態研究 | 賴繼昌、吳春基、葉信明、翁進興、謝泓諺、程嘉彥、陳秋月、張麗美、吳龍靜 | 2010 |
| 台灣周邊海域漁場環境監測 | 陳郁凱、藍揚麒、王友慈、潘佳怡、陳人平、蘇博堃、張伯瑋、張玉真、簡煌彬、吳繼倫、劉燈城 | 2010 |
| 台灣東北部海域雄壯鬚蝦之成長、死亡及加入模式研究 | 陳威克、吳繼倫、吳全橙、莊世昌 | 2010 |
| 台灣東部海域長腰鮪族群特徵研究 | 陳淑穎、江偉全、陳信志、吳瑞賢、黃梓倫、陳文義 | 2010 |
| 台灣東部海域黑皮旗魚標識放流研究 | 江偉全、陳信志、陳淑穎、黃梓倫、陳文義 | 2010 |
| 台灣沿岸海域鰹類仔稚之時空分布(Ⅱ) | 王友慈、葉念慈、潘佳怡、陳人平、吳繼倫 | 2010 |
| 台灣近海黑鮪之漁海況調查研究 | 藍揚麒、劉國強、張可揚、陳郁凱、潘佳怡、吳繼倫 | 2010 |
| 台灣產葡萄牙牡蠣族群遺傳之研究 | 蕭聖代、梁宏彥 | 2010 |
| 棘冠海星大爆發調查與建立大法螺人工繁殖技術 | 謝恆毅、鐘金水、陳高松、冼宜樂、黃文卿、林翌涵 | 2010 |
| 臺灣東部海域魚類多樣性調查與研究 | 黃梓倫、江偉全、陳文義 | 2010 |
| 與日本進行生物體內穩定同位素測量相關技術之交流 | 葉信明 | 2010 |
| 澎湖青灣海域種原棲地生物多樣性復育研究 | 謝恆毅、林翌涵、余慧盈 | 2010 |
| 衛星影像應用於西北太平洋秋刀魚漁獲分布之研究 | 曾振德、陳高松、劉姵妤、陳世欽 | 2010 |
| 藻場復育之研究 | 謝恆毅、徐振豐、洪有隆、趙仲昆 | 2010 |
| 以豐度生物量比較曲線評估台灣北部海域底棲魚類群聚之現況 | 吳全橙、陳威克、莊世昌、賴竹蘭、康偉福、吳繼倫、陳玉姬、陳悅祥、楊怡潔 | 2009 |
| 台灣北部海域劍尖槍鎖管資源調查評估研究 | 張可揚、王凱毅、簡煌彬、陳人平、陳欣稜、吳繼倫 | 2009 |
| 台灣西南海域中層人工浮魚礁區鰹鮪標識放流之研究 | 翁進興、賴繼昌、程嘉彥、黃建智、吳龍靜、謝泓諺、陳秋月、吳春基、陳守仁、葉信明 | 2009 |
| 台灣西南海域底棲魚類群聚生態調查及其在漁業管理之應用研究－台灣西南海域刺鯧生殖洄游海域、漁業參數及 | 葉信明、吳春基、賴繼昌、黃建智、陳守仁、陳羿惠、吳龍靜、柯慧玲、翁進興、張麗美、陳秋月、潘惠婉、邵琬絜、蔡家聖、蔣依依、黃盟巽 | 2009 |
| 台灣周邊海域漁場環境監測 | 陳郁凱、王友慈、潘佳怡、陳人平、蘇博堃、張伯瑋、張玉真、楊珮芬、陳秋月、翁進興、吳龍靜、吳繼倫、劉燈城 | 2009 |
| 台灣東南部海域鮪類仔稚魚調查研究 | 陳郁凱、張可揚、劉國強、潘佳怡、曾以中、吳繼倫 | 2009 |