| 台灣東部海域花鰹類及鮪類小型魚類族群特徵研究 | 陳淑穎、江偉全、傅信欽、黃梓倫、陳文義 | 2009 |
| 台灣東部海域魚類多樣性調查與研究 | 黃梓倫、江偉全、傅信欽、陳文義 | 2009 |
| 台灣東部海域鮪旗魚類標識放流研究 | 江偉全、傅信欽、陳信志、陳淑穎、黃梓倫、陳文義 | 2009 |
| 台灣沿岸海域鰹類仔稚之時空分布 (Ⅰ) | 王友慈、葉念慈、潘佳怡、陳人平、曾以中、張玉真、吳繼倫 | 2009 |
| 台灣產牡蠣遺傳多樣性研究 | 蕭聖代、梁宏彥、吳繼倫 | 2009 |
| 節能減碳研究團隊－藻場復育之研究 | 謝恆毅、徐振豐、蔡萬生 | 2009 |
| 澎湖青灣海域種原棲地生物多樣性復育研究 | 謝恆毅、林翌涵、蔡萬生 | 2009 |
| 衛星影像應用於西北太平洋秋刀漁場動態研究 | 曾振德、劉姵妤、陳世欽 | 2009 |
| 九十七年度鰻魚人工放流 | 劉富光、陳紫媖、黃家富、李彥宏、黃瀛生 | 2008 |
| 水中魚體大小量測系統開發 | 吳龍靜、翁進興、賴繼昌、程嘉彥、謝泓諺、黃建智、吳春基 | 2008 |
| 可程控微型自計量魚探模組之開發 | 林志遠、陳世欽 | 2008 |
| 台灣北部海域中小型拖網漁業資源現況調查 | 吳全橙、莊世昌、賴竹蘭、康偉福、陳玉姬 | 2008 |
| 台灣西南海域中層人工浮魚礁區鰹鮪標識放流之研究 | 翁進興、洪明昆、賴繼昌、程嘉彥、黃建智、吳龍靜、陳秋月、吳春基、陳守仁、謝泓諺、葉信明 | 2008 |
| 台灣西南海域底棲魚類群聚生態調查及其在漁業管理之應用研究-經濟魚類產卵場及漁場動態 | 葉信明、吳春基、賴繼昌、陳守仁、陳羿惠、吳龍靜、黃建智 | 2008 |
| 台灣西南海域距岸三浬內外底拖網漁場底棲生物之生物量及多樣性調查研究 | 葉信明、賴繼昌、吳龍靜、吳春基、陳守仁、黃建智、翁進興、張麗美、陳秋月、潘惠婉、陳羿惠、邵琬絜、蔡家聖、黃盟巽 | 2008 |
| 台灣周邊海域漁場環境監測 | 藍揚麒、李忠憲、李長縈、陳郁凱、張可揚、王友慈、潘佳怡、簡煌彬、張玉真、楊珮芬、蔣依依、陳秋月、翁進興、吳龍靜、吳繼倫、劉燈城 | 2008 |
| 台灣周邊海域鯖鰺仔稚魚分布之調查研究 | 王友慈、潘佳怡、陳人平、康偉福、林雅民 | 2008 |
| 台灣東部海域魚類多樣性調查與研究 | 黃梓倫、江偉全、傅信欽、陳文義 | 2008 |
| 台灣東部海域鮪類食物階層動態研究 | 江偉全、傅信欽、黃梓倫、陳文義 | 2008 |
| 台灣東部海域鰹魚及鮪類小型魚資源調查與評估 | 傅信欽、江偉全、黃梓倫、陳文義 | 2008 |